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tests/test_ruleapplication.py

@@ -0,0 +1,959 @@
+import gzip
+import json
+
+from django.conf import settings as s
+from django.test import TestCase
+from utilities.chem import FormatConverter
+
+
+class RuleApplicationTest(TestCase):
+
+    def setUp(self):
+        self.total_errors = 0
+
+    @classmethod
+    def setUpClass(cls):
+        super(RuleApplicationTest, cls).setUpClass()
+        cls.data = json.load(gzip.open(s.BASE_DIR / 'fixtures' / 'ambit_rules.json.gz', 'rb'))
+        cls.error_smiles = list()
+
+    @classmethod
+    def tearDownClass(cls):
+        from collections import Counter
+        # print(Counter(cls.error_smiles))
+        pass
+
+    def tearDown(self):
+        print(f"\nTotal errors {self.total_errors}")
+
+    def run_bt_test(self, bt_rule_name):
+        bt_rule = self.data[bt_rule_name]
+        smirks = bt_rule['smirks']
+
+        res = True
+
+        all_prods = set()
+        for comp, ambit_prod in zip(bt_rule['compounds'], bt_rule['products']):
+
+            smi = comp['smiles']
+            products = FormatConverter.apply(smi, smirks, preprocess_smiles=True, bracketize=False)
+
+            all_rdkit_prods = []
+            for ps in products:
+                for p in ps:
+                    all_rdkit_prods.append(p)
+
+            all_rdkit_prods = list(set(all_rdkit_prods))
+
+            ambit_smiles, ambit_errors = FormatConverter.sanitize_smiles(ambit_prod)
+            rdkit_smiles, rdkit_errors = FormatConverter.sanitize_smiles(all_rdkit_prods)
+
+            for x in ambit_smiles:
+                all_prods.add(x)
+
+            # TODO mode "intersection"
+            # partial_res = (len(set(ambit_smiles).intersection(set(rdkit_smiles))) > 0) or (len(ambit_smiles) == 0)
+            # FAILED (failures=42)
+
+            # TODO mode = "full ambit"
+            # partial_res = len(set(ambit_smiles).intersection(set(rdkit_smiles))) == len(ambit_smiles)
+            # FAILED (failures=52)
+
+            # TODO mode = "equality"
+            partial_res = set(ambit_smiles) == set(rdkit_smiles)
+            # FAILED (failures=71)
+
+            if len(ambit_smiles) and not partial_res:
+                print(f"""
+                    BT {bt_rule_name}
+                    SMIRKS {bt_rule['smirks']}
+                    Compound {comp['smiles']}
+                    Num ambit {len(set(ambit_smiles))}
+                    Num rdkit {len(set(rdkit_smiles))}
+                    Num Intersection A {len(set(ambit_smiles).intersection(set(rdkit_smiles)))}
+                    Num Intersection B {len(set(rdkit_smiles).intersection(set(ambit_smiles)))}
+                    Difference A: {set(ambit_smiles).difference(set(rdkit_smiles))}
+                    Difference B: {set(rdkit_smiles).difference(set(ambit_smiles))}
+                    ambit products {ambit_smiles}
+                    rdkit products {rdkit_smiles}
+                    ambit_errors: {ambit_errors}
+                    rdkit_errors: {rdkit_errors}
+                """)
+
+            if not partial_res:
+                self.error_smiles.append(comp['smiles'])
+                self.total_errors += 1
+
+            res &= partial_res
+
+        self.assertTrue(res)
+
+    def test_bt0349_3023(self):
+        self.run_bt_test('bt0349-3023')
+
+    def test_bt0306_3442(self):
+        self.run_bt_test('bt0306-3442')
+
+    def test_bt0342_4298_1(self):
+        self.run_bt_test('bt0342-4298.1')
+
+    def test_bt0064_3707(self):
+        self.run_bt_test('bt0064-3707')
+
+    def test_bt0108_470(self):
+        self.run_bt_test('bt0108-470')
+
+    def test_bt0231_1871_2(self):
+        self.run_bt_test('bt0231-1871.2')
+
+    def test_bt0374_4148(self):
+        self.run_bt_test('bt0374-4148')
+
+    def test_bt0417_3777(self):
+        self.run_bt_test('bt0417-3777')
+
+    def test_bt0153_3077(self):
+        self.run_bt_test('bt0153-3077')
+
+    def test_bt0213_3524(self):
+        self.run_bt_test('bt0213-3524')
+
+    def test_bt0257_3855_2(self):
+        self.run_bt_test('bt0257-3855.2')
+
+    def test_bt0037_3717(self):
+        self.run_bt_test('bt0037-3717')
+
+    def test_bt0102_4062(self):
+        self.run_bt_test('bt0102-4062')
+
+    def test_bt0431_4039(self):
+        self.run_bt_test('bt0431-4039')
+
+    def test_bt0444_4310(self):
+        self.run_bt_test('bt0444-4310')
+
+    def test_bt0242_3803(self):
+        self.run_bt_test('bt0242-3803')
+
+    def test_bt0231_1871_3(self):
+        self.run_bt_test('bt0231-1871.3')
+
+    def test_bt0388_4159(self):
+        self.run_bt_test('bt0388-4159')
+
+    def test_bt0022_2833(self):
+        self.run_bt_test('bt0022-2833')
+
+    def test_bt0393_3367(self):
+        self.run_bt_test('bt0393-3367')
+
+    def test_bt0282_3656(self):
+        self.run_bt_test('bt0282-3656')
+
+    def test_bt0399_3488(self):
+        self.run_bt_test('bt0399-3488')
+
+    def test_bt0330_3930(self):
+        self.run_bt_test('bt0330-3930')
+
+    def test_bt0363_4185(self):
+        self.run_bt_test('bt0363-4185')
+
+    def test_bt0243_4301(self):
+        self.run_bt_test('bt0243-4301')
+
+    def test_bt0407_3651(self):
+        self.run_bt_test('bt0407-3651')
+
+    def test_bt0055_3469_3(self):
+        self.run_bt_test('bt0055-3469.3')
+
+    def test_bt0230_3525(self):
+        self.run_bt_test('bt0230-3525')
+
+    def test_bt0051_3151(self):
+        self.run_bt_test('bt0051-3151')
+
+    def test_bt0212_3523(self):
+        self.run_bt_test('bt0212-3523')
+
+    def test_bt0005_4282(self):
+        self.run_bt_test('bt0005-4282')
+
+    def test_bt0037_3718(self):
+        self.run_bt_test('bt0037-3718')
+
+    def test_bt0418_3842(self):
+        self.run_bt_test('bt0418-3842')
+
+    def test_bt0062_925(self):
+        self.run_bt_test('bt0062-925')
+
+    def test_bt0428_3946(self):
+        self.run_bt_test('bt0428-3946')
+
+    def test_bt0420_3811(self):
+        self.run_bt_test('bt0420-3811')
+
+    def test_bt0351_3769(self):
+        self.run_bt_test('bt0351-3769')
+
+    def test_bt0383_3210(self):
+        self.run_bt_test('bt0383-3210')
+
+    def test_bt0421_3907(self):
+        self.run_bt_test('bt0421-3907')
+
+    def test_bt0079_1087(self):
+        self.run_bt_test('bt0079-1087')
+
+    def test_bt0013_4165_2(self):
+        self.run_bt_test('bt0013-4165.2')
+
+    def test_bt0337_3542(self):
+        self.run_bt_test('bt0337-3542')
+
+    def test_bt0325_3638(self):
+        self.run_bt_test('bt0325-3638')
+
+    def test_bt0435_4212(self):
+        self.run_bt_test('bt0435-4212')
+
+    def test_bt0071_4150(self):
+        self.run_bt_test('bt0071-4150')
+
+    def test_bt0351_3944(self):
+        self.run_bt_test('bt0351-3944')
+
+    def test_bt0270_3919(self):
+        self.run_bt_test('bt0270-3919')
+
+    def test_bt0349_2798(self):
+        self.run_bt_test('bt0349-2798')
+
+    def test_bt0154_1367(self):
+        self.run_bt_test('bt0154-1367')
+
+    def test_bt0401_3575(self):
+        self.run_bt_test('bt0401-3575')
+
+    def test_bt0430_4011(self):
+        self.run_bt_test('bt0430-4011')
+
+    def test_bt0337_3545(self):
+        self.run_bt_test('bt0337-3545')
+
+    def test_bt0389_3302(self):
+        self.run_bt_test('bt0389-3302')
+
+    def test_bt0346_2639(self):
+        self.run_bt_test('bt0346-2639')
+
+    def test_bt0268_3530(self):
+        self.run_bt_test('bt0268-3530')
+
+    def test_bt0379_3190(self):
+        self.run_bt_test('bt0379-3190')
+
+    def test_bt0013_4165(self):
+        self.run_bt_test('bt0013-4165')
+
+    def test_bt0351_2780(self):
+        self.run_bt_test('bt0351-2780')
+
+    def test_bt0353_4167(self):
+        self.run_bt_test('bt0353-4167')
+
+    def test_bt0291_1129(self):
+        self.run_bt_test('bt0291-1129')
+
+    def test_bt0103_3648(self):
+        self.run_bt_test('bt0103-3648')
+
+    def test_bt0044_3232(self):
+        self.run_bt_test('bt0044-3232')
+
+    def test_bt0110_3663(self):
+        self.run_bt_test('bt0110-3663')
+
+    def test_bt0107_3557(self):
+        self.run_bt_test('bt0107-3557')
+
+    def test_bt0034_2448(self):
+        self.run_bt_test('bt0034-2448')
+
+    def test_bt0073_3591(self):
+        self.run_bt_test('bt0073-3591')
+
+    def test_bt0219_4295(self):
+        self.run_bt_test('bt0219-4295')
+
+    def test_bt0066_3867(self):
+        self.run_bt_test('bt0066-3867')
+
+    def test_bt0295_3520(self):
+        self.run_bt_test('bt0295-3520')
+
+    def test_bt0021_3858(self):
+        self.run_bt_test('bt0021-3858')
+
+    def test_bt0177_3159(self):
+        self.run_bt_test('bt0177-3159')
+
+    def test_bt0318_3664(self):
+        self.run_bt_test('bt0318-3664')
+
+    def test_bt0080_4217(self):
+        self.run_bt_test('bt0080-4217')
+
+    def test_bt0181_1278(self):
+        self.run_bt_test('bt0181-1278')
+
+    def test_bt0254_4224_2(self):
+        self.run_bt_test('bt0254-4224.2')
+
+    def test_bt0237_2957(self):
+        self.run_bt_test('bt0237-2957')
+
+    def test_bt0342_4298_2(self):
+        self.run_bt_test('bt0342-4298.2')
+
+    def test_bt0280_2426(self):
+        self.run_bt_test('bt0280-2426')
+
+    def test_bt0438_4230(self):
+        self.run_bt_test('bt0438-4230')
+
+    def test_bt0270_3922(self):
+        self.run_bt_test('bt0270-3922')
+
+    def test_bt0021_3859(self):
+        self.run_bt_test('bt0021-3859')
+
+    def test_bt0323_3394(self):
+        self.run_bt_test('bt0323-3394')
+
+    def test_bt0408_3666(self):
+        self.run_bt_test('bt0408-3666')
+
+    def test_bt0429_4043(self):
+        self.run_bt_test('bt0429-4043')
+
+    def test_bt0198_546(self):
+        self.run_bt_test('bt0198-546')
+
+    def test_bt0312_3818(self):
+        self.run_bt_test('bt0312-3818')
+
+    def test_bt0348_4121(self):
+        self.run_bt_test('bt0348-4121')
+
+    def test_bt0153_3078(self):
+        self.run_bt_test('bt0153-3078')
+
+    def test_bt0031_1217(self):
+        self.run_bt_test('bt0031-1217')
+
+    def test_bt0184_4187(self):
+        self.run_bt_test('bt0184-4187')
+
+    def test_bt0055_3469_4(self):
+        self.run_bt_test('bt0055-3469.4')
+
+    def test_bt0257_3855_1(self):
+        self.run_bt_test('bt0257-3855.1')
+
+    def test_bt0242_3804(self):
+        self.run_bt_test('bt0242-3804')
+
+    def test_bt0077_441(self):
+        self.run_bt_test('bt0077-441')
+
+    def test_bt0011_4163(self):
+        self.run_bt_test('bt0011-4163')
+
+    def test_bt0270_3921(self):
+        self.run_bt_test('bt0270-3921')
+
+    def test_bt0376_4266(self):
+        self.run_bt_test('bt0376-4266')
+
+    def test_bt0036_3571(self):
+        self.run_bt_test('bt0036-3571')
+
+    def test_bt0352_4297_1(self):
+        self.run_bt_test('bt0352-4297.1')
+
+    def test_bt0199_3639(self):
+        self.run_bt_test('bt0199-3639')
+
+    def test_bt0143_3211(self):
+        self.run_bt_test('bt0143-3211')
+
+    def test_bt0020_1610(self):
+        self.run_bt_test('bt0020-1610')
+
+    def test_bt0440_4255(self):
+        self.run_bt_test('bt0440-4255')
+
+    def test_bt0286_846(self):
+        self.run_bt_test('bt0286-846')
+
+    def test_bt0337_3543(self):
+        self.run_bt_test('bt0337-3543')
+
+    def test_bt0416_4269(self):
+        self.run_bt_test('bt0416-4269')
+
+    def test_bt0195_3744(self):
+        self.run_bt_test('bt0195-3744')
+
+    def test_bt0334_3582(self):
+        self.run_bt_test('bt0334-3582')
+
+    def test_bt0327_3585(self):
+        self.run_bt_test('bt0327-3585')
+
+    def test_bt0384_4048(self):
+        self.run_bt_test('bt0384-4048')
+
+    def test_bt0056_2685(self):
+        self.run_bt_test('bt0056-2685')
+
+    def test_bt0337_4117(self):
+        self.run_bt_test('bt0337-4117')
+
+    def test_bt0405_3633(self):
+        self.run_bt_test('bt0405-3633')
+
+    def test_bt0439_4270(self):
+        self.run_bt_test('bt0439-4270')
+
+    def test_bt0332_3924(self):
+        self.run_bt_test('bt0332-3924')
+
+    def test_bt0423_3876(self):
+        self.run_bt_test('bt0423-3876')
+
+    def test_bt0351_3138(self):
+        self.run_bt_test('bt0351-3138')
+
+    def test_bt0351_4118(self):
+        self.run_bt_test('bt0351-4118')
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